@אגסי למה בעצם אתה צריך להשבית חלק מהאפליקציה בשביל להסיר את האיקון? אם כבר אתה משתמש ברוט למה לא תגדיר פשוט שינוי של השורה android.intent.category.LAUNCHER ל android.intent.category.INFO בXML של האפליקציות?
זה מסיר את האיקון מהמסך בית בצורה קבועה גם כשהאפליקציה פתוחה וזה גם מאפשר לפתוח את האפליקציה בלי להשתמש בפתיחה של פעולות כולל דרך הקיצורי מקשים של המכשיר עצמו וגם לא לוקח זמן לפתוח.
מי שמעוניין אפשר לעשות את זה לבד באמצעות עורך אפליקציות כמו MTV VIP (אפשר למצא כאן בפורום) להיכנס דרכו לאפליקציה (Data>App או System>App לאפליקציות מערכת) ולבחור את האפליקציה הרצויה, לבחור VIEW ואז להכנס לקובץ AndroidManifest.xml לבחור String Pool ואז לחפש את השורה הזאת, לערוך ולשמור ולהפעיל מחדש.
כמובן אין לי שום אחריות ומומלץ לגבות כל דבר לפני עריכה.